繼台大物理研究所考試出包之後，台大國企研究所考試也發生考題爭議！
有考生爆料，台大國企所丙組簡章公布的考科是工程數學（含微分方程、線性代數），考試當天工程數學的考題未考線性代數，反而考出機率與統計。最扯的是，考題和台大電子工程學研究所碩士班工程數學考題一模一樣，竟是同一份考卷。爆料考生擅長線性代數，因喪失優勢而落榜。
教育部高教司長何卓飛表示，研究所的考試簡章和考試內容當然要一樣，否則不就是欺騙考生，教育部將要求台大查明，維護考試的公平性及考生權益。
台大國企所所長謝明慧拒絕接受訪問，該所只用書面向媒體說明，指丙組考試科目「工程數學」命題中，線性代數、微分方程、機率與統計都是「列舉」，爭議在於「含」此字，未列出機率與統計是「擇項列舉不周全」，才造成考生認知有落差。
台大國企所表示，為了慎重起見，接到該考生投訴後，即針對該科的試卷重新啟閱，以做為增加錄取口試名額的依據，但是針對十二名選考工程數學的考生， 若僅計算其「微分方程」，可進入口試的排名順序，與原計算兩科成績的排名是一樣，且前兩名學生的成績大幅高於其他學生，故決定不調整口試名額。
對於台大國企所的處理結果，爆料考生無法接受。他表示，簡章上明載考科是工程數學（線性代數、微分方程），台大沒考線性代數，根本是欺騙考生，還敢說是「列舉不周全」，明顯是硬拗；把「微分方程」的分數作排名，更是可笑。
爆料考生說，他在大學未修過微分方程，全靠自修，本來就是要靠強項線性代數拿分，台大國企所的補救方法不公平不合理，無法想像是世界前七十大名校所為。
對於台大國企所和台大電子工程學研究所的工程數學考科竟是同一份考卷，台大主秘張培仁表示，兩所在同一天考試，使用同一份考卷沒有問題，此案爭議在於簡章中的「含」字不清楚，確有應檢討之處。