值得一提的是，現在大昭寺內供奉的是文成公主帶去的釋迦牟尼十二歲等身像，而八歲等身像於八世紀被轉供奉在小昭寺，後毀於文化大革命。在大昭寺的泥製大佛之中，安放了尺尊公主帶至西藏的木製釋迦牟尼佛像，相傳松贊干布化身為光芒，進入佛像之中。
由於默朗欽莫及其政教合一的傳統，大昭寺在文化大革命期間成為「破四舊」的目標。1966年，紅衛兵攻擊大昭寺，摧毀了許多佛像。尺尊公主的木製小佛，後來輾轉流傳到印度達蘭薩拉，由十四世達賴收藏。大昭寺成為豬的屠宰場，西藏人被禁止進入膜拜，直至1972年，開始重建大昭寺，1980年完成重建工程。
大昭寺建造時曾以山羊馱土，因而最初的佛殿曾被命名為「羊土神變寺」。1409年，格魯教派創始人宗喀巴大師為歌頌釋迦牟尼的功德，召集藏傳佛教各派僧眾，在寺院舉行了傳昭大法會，後寺院改名為大昭寺。也有觀點認為早在9世紀時已改稱大昭寺。清朝時，大昭寺曾被稱為「伊克昭廟」。
大昭寺是西藏現存最輝煌的吐蕃時期的建築，也是西藏現存最古老的土木結構建築，開創了藏式平川式的寺廟布局規式。大昭寺融合了藏、唐、尼泊爾、印度的建築風格，成為藏式宗教建築的千古典範。
西藏的寺院多數歸屬於某一藏傳佛教教派，而大昭寺則是各教派共尊的神聖寺院。西藏政教合一之後，「噶廈」的政府機構也設在大昭寺內。活佛轉世的「金瓶掣籤」儀式歷來在大昭寺進行，1995年，十世班禪靈童轉世的金瓶掣籤儀式也是在這裡舉行的。
藏族人民有「先有大昭寺，後有拉薩城」之說，大昭寺在拉薩市具有中心地位，不僅是地理位置上的，也是社會生活層面的。環大昭寺內中心的釋迦牟尼佛殿一圈稱為「囊廓」，環大昭寺外牆一圈稱為「八廓」，大昭寺外輻射出的街道叫「八廓街」即八角街。以大昭寺為中心，將布達拉宮、藥王山、小昭寺包括進來的一大圈稱為「林廓」。這從內到外的三個環型，便是藏民們行轉經儀式的路線。