建置容易、通話費率低、操作方式簡便和行動力強，是企業導入Skype的最大誘因，但它同時具備即時通訊軟體（IM）的功能，又採用P2P傳輸架構，能輕易穿越公司防火牆，再加上它不像MSN Messenger等IM軟體，具有固定的通訊埠、傳輸協定和連線伺服器，也因此企業不易監控Skype經過加密的對話內容，造成資安和管理上的漏洞。
針對這樣的問題，IT人員可以增添管理設備、新增群組原則或修改機碼等方式，限制員工使用Skype，或鎖定違反管理政策的Skype功能。
用網路設備協助管理Skype
目前市面上有許多針對Skype應用所設計的設備，可以協助IT人員管理，其中較常見的是Skype閘道器、代理伺服器，以及Skype網路記錄器等。
僅允許語音通訊功能的Skype閘道器
使用Skype閘道器是管理Skype最常見的方式之一，這種類型的設備可以介接電話交換機（類比PBX或IP-PBX），讓員工直接以傳統分機撥打Skype電話，所以可以提升Skype的便利性。
不僅如此，由於傳統分機僅具備數字鍵，因此無法用來輸入文字訊息或傳輸檔案，可避免員工因不當使用Skype導致資料外洩。此外目前的Skype閘道器也都具備加值功能，像是訊動的設備就提供像是語音信箱、來電轉接、電話簿和黑／白名單過濾等功能，在語音通訊使用上也更加便利。
在安裝Skype閘道器時，需注意設備上的連接埠為FXO或FXS，前者需連接在PBX交換機的內線卡或PSTN線路上，後者則是與交換機的內線卡或電話分機連線。
另外也可以考慮採用免電腦Skype話機來撥打Skype電話，像是由IPEVO或Philips推出的這類型產品，都可以設定成設備連線後，便自動關閉Skype帳號的文字與傳檔服務的功能，而且只要連接網路線就能使用，安裝和設定步驟比較簡便，但缺點是無法多人共用。
以代理伺服器完全封鎖連線
如果想要完全封鎖Skype，卻又無法阻止員工自行在電腦上安裝軟體，目前也有一些資安設備可以分析使用者與外部網路的通訊行為。
像是Blue Coat的ProxySG，它採用代理伺服器（Proxy）技術，能夠區別防火牆完全開放的80埠（用於HTTP通訊協定），以及443埠（用於HTTPS通訊協定）的加密流量，即使Skype在連線時是透過這2個連接埠，並混雜在一般網頁傳輸封包中，這類型的設備仍然能依照網路行為的不同，阻擋屬於Skype的封包，使得Skype個人端程式無法連線。
用Skype網路記錄器監控即時訊息
在不想完全禁止使用Skype附加功能的情形下，卻又擔心形成資安漏洞，就可以考慮採購安全防護性產品來側錄文字對話內容，或是將傳輸的檔案複製一份到監控伺服器中。
舉例來說，像是眾至或新軟等廠商的網路記錄器就具備這種功能，不過使用時，必須在員工的個人端電腦中加裝監控外掛程式。這種類型的設備雖然無法預先防範員工的不當使用行為，但能提供事後稽核所需要的舉證和電子記錄。
使用軟體設定修改或禁用Skype
雖然使用硬體設備來管理Skype相當簡便，但事實上，如果妥善運用AD的群組原則管理，以及Skype企業版提供的編輯功能，也可以在不用花費額外支出的情況下，達到類似的效果。
新增群組原則以限制Skype使用權限
IT人員可以利用AD中的新增群組原則方式，來限制員工使用特定的應用程式。新增群組原則共包含雜湊規則、路徑規則、憑證規則，以及網際網路區域規則等4種方法，其中又以前2種較為常見。
如果以雜湊規則的設定方法為例，首先必須開啟「群組原則物件編輯器（gpedit.msc）」，並依電腦設定、Windows設定、安全性設定、軟體限制原則依序展開樹狀清單，並在軟體限制原則項目上按滑鼠右鍵，選擇「新增軟體限制原則」，接下來再點選「其它原則」，並在右側視窗中按右鍵以新增「雜湊規則」。
在雜湊規則設定中，我們必須手動指定Skype執行檔的路徑，例如C:\Program Files\Skype\Phone\ Skype.exe，完成後再利用開始程式集的執行功能，輸入gpupdate /force，以強制AD套用新的群組規則，並發布到員工電腦中執行。
修改Skype設定可移除檔案傳輸功能
如果要變更Skype的功能，必須先到官方網站下載企業專用的Skype版本，它提供Windows封裝格式的安裝檔（MSI），以便大量派送和部署，並允許IT人員利用修改註冊機碼的方式，避免Skype占用頻寬或用來傳輸檔案。
舉例來說，如果想要禁止Skype的傳檔功能，必須在Windows的系統登錄機碼中找到[HKEY_LOCAL_ MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype\Phone]，並自行新增1組"DisableFileTransfer" =dword:00000001值。
此外，並非每一個Skype個人端程式，在網路上的地位都是相同的，少數連線品質較好的用戶將會在不知情的情況下，被挑選為中心伺服器，負責管理其他使用者的權限或帳號，並在Skype無法使用預設的連接埠傳輸時，發送HTTP或HTTPS的連接訊息至其他Skype個人端程式。這些伺服器在開啟Skype時，消耗的上傳頻寬將遠高於其他使用者，通常也被稱為「超級節點（Supernode）」。
有些選擇建置Skype閘道器來負責語音通訊的企業，為了徹底區隔Skype網路與公司內部網路，會選擇將裝有Skype個人端程式的伺服器建置在DMZ區，或是單獨使用一條網路專線，這樣雖然能避免惡意程式以Skype伺服器為跳板，攻擊或竊取位於內部網路的伺服器或資料，卻也可能因此使Skype伺服器成為超級節點用戶，導致企業的對外網路頻寬，遭到其他Skype使用者占用。
為了避免這種情況發生，IT人員也可以調整企業版Skype的相關設定，做法是在[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype\Phone]中，加入"DisableSupernode"=dword:00000001這個DWORD值。
事實上，企業版的Skype共包含25項功能的開啟／關閉修正原則，如果想要了解其他功能，可以到www.skype.com/security/Skype-v1.5.adm下載完整的群組原則範本。
