日文「海月」指的就是「水母」，「海月姬」照字面解釋就是水母公主。事實上，故事中的主角倉下月海，因為小時候覺得水母就像穿著禮服的公主一樣，所以迷上水母，長大後成為一位喜歡水母、研究水母、畫水母的「水母迷」宅女。
故事發生在這位水母宅女住的一棟舊式公寓「天水莊」，由於發音近似，所以這棟公寓又叫做「尼姑庵」，五位主要房客全都是宅女，而且每個人代表一種類型：公寓管理員的女兒千繪子是一位喜愛和服與日本人偶的宅女；瑪雅雅精通中國三國時代歷史，是一心光復漢王朝的「歷女」；邦巴是狂熱的鐵道迷，看到火車就忍不住坐上去的「鐵女」；吉吉在「管家咖啡廳」打工，迷戀如枯柴般的歐吉桑，算是另外一種類型的「腐女」。另一位神秘女房客則是足不出戶的漫畫家，有深度的恐男症。
有一天，一名打扮入時的女子闖入天水莊，該名潮女「藏之介」其實是不折不扣的男生，而且還是現任首相的外甥。「偽娘」藏之介的時尚打扮，原本也被宅女視為大敵，但因天水莊面臨遭財團收購拆除的危機，藏之介因而協助五位宅女抵抗惡勢力。
海月姬是漫畫家東村明子從2008年起連載的漫畫，成功地利用集合公寓的題材，將現今出現在流行用語中的各種宅女類型，化身為作品的人物。日文介紹中，將這些宅女通稱為「腐女」。基本上，廣義的「腐女」泛指沉迷某件事物無可救藥的女性，狹義的解釋則專指對「男男愛」（BL）情有獨鍾的女性。
「歷女」一詞去年獲得日本流行語大賞，泛指酷愛歷史故事的女性，這裡的「歷史」指的是日本戰國時代、幕末明治維新時期或中國三國時代等，受到動漫電玩的影響頗深。「鐵女」則是喜歡鐵道或電車的女性。「偽娘」指的是喜愛女裝的男生，這種男生不見得有性別認知障礙，動漫裡的偽娘打扮起來通常要比女生漂亮。