受少子化嚴重衝擊，近兩年大學招生缺額擴大，98學年各大學新生報到率不到五成的學校，由去年的11校倍增為今年的25校，教育部預估每年會以2%的速度減少，到民國110年缺額將高達7萬1000人。立委擔心將有60幾所大學要關門，教育部長吳清基表示，教育部已積極推動大學退場機制或轉型。
吳清基今天到立法院教育文化委員會進行「高等教育現況檢討及追求卓越之發展策略專案報告」。立委黃志雄質詢時表示，教育部大量開放大學成立的錯誤政策，造成現在全國大學多達162所，但少子化衝擊下，可能會減到只剩100所，有三分之一、60幾所大學院校因為招不到學生而倒閉，教育部要如何因應，如何處理數千名教授的失業問題。
吳清基表示，教育部正研擬各種退場方案，公立學校轉型或整併，私校則轉型為財團法人；包括提供賦稅優惠及放寬土地變更編定的限制，增列私校改辦其他教育、文化或社福事業，免交營業稅等優惠措施。教育部也研議開辦彈性多元的教育，幫助學校發展成終身學習的社會教育事業。
吳清基強調，將研訂私校轉型及退場配套機制，經營困難的學校將分「建立預警機制」、「提供輔導助」及「進行轉型退場」三階段辦理。若有學校停辦解散，將成立緊急應變小組，維護教師工作權和學生受教權。
不但後段大學可能招不到學生而關門，最頂尖的台灣大學的辦學成績也令立委不放心。立委趙麗雲質詢指出，世界大學排名公布，台大擠進百大、排名第95名，而台大的延畢率也高達37%，她擔心大學畢業生將成為「啃老族」，吃掉父母的退休金。
另外，教育部五年500億的頂尖大學經費，台大獨得133億元，立委蔣乃辛質疑教育部獨厚台大，造成高教資源分配不均。他說，台大每名學生一年分配預算46萬元，同樣是國立大學的政大只分配到每生15萬元。
立委楊瓊瓔則擔心，大學生經濟壓力沈重，申請助學貸款人數多達75萬人次，逾九成大學生要靠打工籌學費及生活費，她要求教育部應去找台灣銀行協商，調降助學貸款利率，。吳清基承諾，將拜訪台銀董事長協商調降助學貸款利率。