環保署環境檢驗所最近一期淡水河系新店溪的魚類生態調查結果出爐，共發現38種魚類，較前一期之27種，大幅增加11種為近年來最高，包括絕跡20幾年的日本禿頭鯊再度現蹤，驗證淡水河整體水質已大幅改善。
台北市環保局4月曾公布，淡水河因水質提升魚種攀升，民國96年僅48種，去年達89種。環保署表示，北市環保局檢測範圍較大，涵蓋基隆河、大漢溪等整個淡水河系，環保署這次的調查主要以新店溪為主。其中，代表水質佳之洄游型的日本禿頭鯊、眼斑厚唇鯊以及消失多年的翹嘴紅鮊均現蹤中下游，相較於民國91年調查結果，魚種數足足增加了兩倍之多。
環境檢驗所表示，生物物種調查是評估環境變化對生物衝擊的方法之一，過去國內外常以化學方法分析水質。近年來，歐美先進國家同時開發生物毒性檢測做為輔助，藉由生物存活把關，讓水中微量的污染物無所遁形。但單一生物種類無法正確呈現水中有毒物質狀況，所以需用不同種類生物測試。
自82年起，環檢所用脊椎動物-魚類（鯉魚、羅漢魚及溪哥）、無脊椎動物-甲殼類（米蝦及水蚤）及植物-藻類（小球藻）等進行測試，只要把小小幾公分的生物放進水裡，最多觀察4天，就能知道工廠放流水到底對生物是否具有毒性，是目前相當有效且簡易之檢測方法。
環境檢驗所指出，該所目前正在開發水蚤等生物之慢毒性測試法，經由28天之暴露，進行是否會造成畸形或生長異常等之危害評估，而此方法預定於明（100）年將公告以供相關單位參考。
