日常生活中所吃的食物常帶有各種不同的微生物，有些會使我們食物中毒，有些不但能使食物的滋味變好，同時還能使身體變得更強壯；這些對身體有益的微生物統稱為「益生菌」﹝Probiotics﹞，好菌種類繁多，效能各有不同，但都是藉由改善腸內微生物生態平衡來促進健康。
就中醫的觀點來說，人體的脾胃屬土，是後天之母；換句話說，腸道是吸收營養及免疫的重要關卡，若腸道出問題，不但營養無法完整吸收，對疾病的扺抗力也會減弱。
然而，腸道裏是各種好、壞菌「龍蛇雜處」的環境，若菌長得多時就會壓抑益菌生長，造成便秘、腹瀉等腸胃道症狀；當人體必須使用抗生素來治療疾病時，體內的細菌被抗生素殲滅造成菌相失衡，因此長期使用抗生素的患者特別容易腹瀉或念珠菌感染。
東京大學農學食品工學博士祝嘉鴻表示，除了好菌與壞菌之外，腸道內還有一種中性菌﹝日和菌﹞，它會隨著好、壞菌的消長而變化屬性；如果腸道裏的好菌多一點，這種中性菌就傾向做益菌，但是如果腸內壞菌占優勢，那麼中性菌也會變成壞菌。
因此，當腸內的好菌占優勢，就能壓制腸內致病菌的生成，使壞菌無法為害人體，並讓腸道的pH值趨於中性，營養素的吸收與代謝都會偏向正常。除了整腸之外，有些特殊菌種能誘使腸道分泌干擾素進而改善過敏症狀；有的菌種能幫助腸道對抗輪狀病毒的侵襲；也有能降低膽固醇或預防胃潰瘍、結腸炎甚或腸癌的菌種，但並非每一種益生菌都有相同的效能及機轉。
16益處，人體更健康
益生菌對人體有諸多好處，在過去的20幾年，國際間已完成的研究並在知名學術期刊發表過的相關臨床試驗共有將近150件，受測人數逾8000人，都沒有負面的結果報導，而最主要的正面功效有16項：
1.促進維他命B群、維他命K及酵素產生。
2.穩定腸道菌叢，使腸內病菌減少。
3.產生抗菌物質，增強宿主免疫力。
4.降低膽固醇。
5.預防大腸癌。
6.抑制癌症及腫瘤生長。
7.降低腸道酸鹼值。
8.與致病菌競爭，可在腸道上皮細胞附著及形成屏壁作用。
9.維持腸道表面保護層的完整免疫調節作用。
10.對免疫細胞的營養有支持作用。
11.活化免疫細胞。
12.降低過敏反應的程度。
13.促進營養作用，提供短鏈脂肪酸。
14.促進乳糖的消化，改善乳糖不耐。
15.改善抗生素所導致腸道益菌的減少。
16.解除習慣性便秘。
然而並不是每個菌種都有前述每一項功效，在人體試驗當中最常被拿來試驗的有A菌、B菌、C菌，以及由鮮乳製作優酪過程中必須添加的保加利亞乳桿菌和嗜高溫鏈球菌。
※好菌型態多多
人類使用益菌來加工食物的歷史非常久，除了優酪乳、養樂多、味噌、納豆、紅麴、白麴、乳酪、酵母之外；含有益生菌的食品還有添加益生菌的糖果、健康食品、飲料……等等。
※你適合吃好菌嗎？
適合：單純就益生菌本身而言，祝嘉鴻表示，幾乎大部分的人都需要補充，特別是30歲以上的成年人、老年人；少運動、壓力大、睡眠不足、日常飲食不正常、不喜歡吃蔬菜的族群，以及痔瘡及大腸憩室患者，或接受過抗生素治療的病患。
不適合：含有益生菌的食品種類非常多樣化，應該從食品特性來看哪些人不適合吃。比方說痛風患者不適合由豆類醱酵品補充益生菌；需要減重者不適合藉由市售加糖的優酪乳來攝取益生菌。
健康吃菌6撇步
「益生菌喜歡高纖的環境」祝嘉鴻說：「益生菌的食物有纖維、乳糖、澱粉、寡糖，益生菌的醱酵產物等成分；所以在補充益生菌的同時多吃蔬果等益生菌喜歡的食物，就等於在腸子裏布置一個它們喜歡生長的環境。」
1.搭配蔬菜效果加倍
多數的益生菌並不喜歡肉類和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有過多糖分也會降低菌種的活性。因此他建議大家在補充益生菌的同時，多吃根莖類蔬菜、水果及海藻，提高體內纖維及寡糖的含量，就等於把腸道布置成好菌的培養基，讓它們有機會「枝繁葉茂」，進而達到改善腸道菌叢生態的目標。
2.睡前補充好時機
此外，補充益生菌最適當的時機是在睡前。祝嘉鴻指出，如果睡前3小時不進食，依人體生理時鐘來看，腸胃蠕動在睡前會減緩，胃酸分泌會減少，這個時候補充益生菌，菌種的存活率會比較高；但若睡前吃宵夜，食物進入腸胃道後會促使胃酸分泌、腸道蠕動，一方面益生菌在通過胃酸時數量會減少，另一方面由於腸道蠕動變快，益菌較容易被排出體外，反而不易在腸道裏繁殖。
3.菌種攝取多樣化
在益生菌食品的選擇上，祝嘉鴻指出最好能吃到含有活菌的食材，並且多方攝取不同菌種。例如在選擇乳酪時，質地柔軟的乳酪含有較多的活菌，含有活菌的食材或食品都要冷藏保鮮，但也只有活菌才能在腸道裏繁殖；像是硬的陳年乳酪含有較多益生菌的代謝物，這種代謝物也是一種「益菌生」，能成為其他益生菌的食物，幫助益菌生長。多方攝取不同菌種做成的食品，攝取不同菌種的益生菌，才能廣泛獲取益生菌為身體帶來的好處。
4.藥物好菌勿同時併服
因為益生菌相較於抗藥性致病菌顯得很脆弱，祝嘉鴻建議正在做抗生素療法的病患在結束療程後再補充益生菌比較有效；如果抗生素療程較長，他建議在服藥2小時後再行補充，益生菌較容易存活。
5.錯開時間補充好菌
若飲食中含有醋、酒、辛辣調味料或藥物等，容易使益生菌死亡的成分，也最好相隔2小時以上再補充益生菌。倘若吃了香腸、臘肉等含硝酸鹽的加工食品，最好能與益生菌相隔6~8小時，待含硝酸鹽類的食品隨著糞便排出體外後再行補充益生菌會比較安全。
6.適量攝取新菌種
祝嘉鴻指出，因益生菌的種類繁多，且每個人的體質及腸道條件各有不同，有時在某一個時期吃下某一種益生菌可能會造成腹瀉、便秘，脹氣...等不同的反應，他建議大家給新吃的菌種1周的時間，適量地攝取。如果攝取某一種益生菌1周，發現這支菌跟自己的腸道不適合，就換一個菌種，也許過一段時間腸道環境改變就又能重新適應，不必勉強自己接受會造成不舒服的食品。
自製優酪注意事項
因市售優酪乳有含糖量過高的問題，許多人開始在家DIY優酪乳來養身，祝嘉鴻表示，DIY優酪是很好的益生菌攝取方式，不論購買菌株或拿市售優酪乳來製作，都可做出含菌足夠的優酪製品。
1.控制糖量：自製優酪可自行控制含糖量及糖的種類，所以比市售產品中的益生菌更具活性。
2.注意清潔：DIY時一定要注意鍋具的清潔，成功的自製優酪會呈現凝固狀；益菌數量愈多，口感也就愈酸，如果水乳分離得很厲害又有怪味，就是被壞菌污染，只能丟棄。
3.添加水果：以DIY優酪搭配蔬菜水果做成料理，不但能改善口感，還能同時補充益菌生，讓好菌更容易在腸道裏壯大聲勢。
4.多樣菌種：在菌種選擇上，祝嘉鴻建議大家多方選擇不同的菌種來培養，多樣化攝取不同種類的益生菌，才是最好的腸道保健方式。
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