北北基聯測確定喊卡，後續卻也衍生更多問題。像是現在的八、九年級學生，已經念了1、2年的單一版本，重返基測又要再度面臨教科書「一綱多本」。擔心考試範圍無形之中增大，家長也跳腳擔心孩子會不會唸不夠，跟外縣市本來念「多版本」的學生相比，失去競爭力。倒是部長吳清基面臨北北基學生版本問題，回答是「台北市的版本就是最好的版本」，政策反覆讓學生、家長無所適從。
教育部長吳清基：「北北基選的是各個學校選擇出最好的版本，念最好的版本，老師再認真教，其實他來考基測他還是不會吃虧。」
北北基大翻盤，確定不玩了，教育部長吳清基也跟著改口要北市學生念好自己的版本就好，言下之意不就是支持「一綱一本」，話是這樣說，但考試政策再度急轉彎，讓家長不滿，急跳腳。
北市家長聯合會理事長許永佳：「就像跑馬拉松，他已經跑1年了、跑2年了，你再告訴他遊戲規則改變，我們覺得這樣是比較草率的，是不能接受的，你這樣一變動，多少家長是跳起來的？多少家長是要來抗議的？」
北北基原本從基測一綱多本自成一套，考「一綱一本」，現在北北基喊卡，學生又得回到基測，面臨一綱多本，也擔心競爭力大降，一夕之間教科書版本跟考試範圍莫名加大，尤其現在八年級生，念了1年的一綱一本，九年級生更慘，已經讀了2年。
家長林媽媽：「版本的問題對我們孩子而言，真的是無形當中的壓力又變大了，家長跟著擔心說，我們的範圍跟外縣市的範圍不同步，我們當然真的就很擔心啊，也很著急啊，不希望讓我們的孩子都在當白老鼠。」
當年為了減輕一綱多本可能帶給學生的壓力，北北基採用一綱一本，一度被家長視為紓壓良藥，沒想到12年國教上路，基測也從考2次變成考1次，政策大轉彎，也宣告短命的北北基聯測就此夭折。