蓬萊島雜誌以週刊、電子版形式於10日復刊，榮譽社長、前總統陳水扁寫了一篇題為「我心自由」的文章，表達對11日扁案宣判的看法。該刊物噗浪部落格(plurk)的噗友在短短1週就號召3000多人，並有數百名贊助者支持復刊，顯現扁迷仍不棄不離。
扁辦10日召開記者會宣布「蓬萊島雜誌.net」復刊，立委柯建銘、高志鵬、前台大教授李鴻禧等人都前來祝賀。榮譽發行人黃天福指出，1984年6月蓬萊島雜誌在台北創刊時，他擔任發行人，總共發行52期，51期被查封，唯有第2期未被查禁，卻因內容批評當時擔任總統蔣經國秘書的馮滬祥涉嫌「以翻譯代替著作」，他和雜誌社長陳水扁、總編輯李逸洋等被依毀謗罪判刑1年，而今雜誌重新問世，時空不同，但期許台灣更好的熱情依舊。
雜誌社社長陳其邁談到復刊目的，他說：『(原音)主要是認為說，台灣在於主權、人權及民主面臨全面倒退，藉由蓬萊島雜誌復刊，除了為過去執政8年辯護外，為台灣共同未來找出路，讓台灣變成真正主權獨立的國家。』
在看守所的陳水扁在復刊的雜誌上寫了一篇文章「我心自由」，表示他在扁案中是無辜、被冤枉，911的官司宣判就隨它去，至少他的心自由。陳水扁並將雜誌視為「運動戰報」，希望再次集結支持本土的力量，重啟獨立建國進程。
另外，蓬萊島雜誌.net每週也會發行紙本週報，只要半年贊助1000元就可收到紙本，目前已有200多名贊助者。刊物內容有陳水扁對時事看法及評析的「阿扁札記」、社論及學者專欄等文。